| 序号 | 类别 | 项目指南名称 | 基金委截止时间 | 校内截止时间 |
| 1 | 国际（地区）合作交流项目 | 2025年度国家自然科学基金委员会与德国研究联合会合作研究项目指南 | 2025年10月30日16时 | 2025年10月29日16时 |
| 2 | 国际（地区）合作交流项目 | 2025年度国家自然科学基金委员会与法国国家科学研究中心合作交流项目指南 | 2025年9月24日16时 | 2025年9月23日16时 |
| 3 | 重大研究计划 | 关于发布赋能药物创新的RNA基础研究重大研究计划2025年度项目指南的通告 | 2025年9月22日16时 | 2025年9月21日16时 |
| 4 | 重大研究计划 | 关于发布面向人机物融合的智能化软件基础研究重大研究计划2025年度项目指南的通告 | 2025年9月22日16时 | 2025年9月21日16时 |
| 5 | 重大研究计划 | 关于发布原子级制造基础研究重大研究计划2025年度项目指南的通告 | 2025年9月22日16时 | 2025年9月21日16时 |
| 6 | 专项项目 | 国家自然科学基金委员会地球科学部2025年度第2期专项项目（科技活动项目）申请的通知 | 2025年9月29日16时 | 2025年9月28日16时 |
| 7 | 联合基金项目 | 关于发布2025年度国家自然科学基金委员会-湖北省“联合基金量子重大专项”项目指南的通告 | 2025年9月30日16时 | 2025年9月29日16时 |
| 8 | 重大研究计划 | 关于发布组织器官再生修复的信息解码及有序调控重大研究计划2025年度项目指南的通告 | 2025年10月10日16时 | 2025年10月9日16时 |
| 9 | 重大研究计划 | 关于发布冠状病毒-宿主免疫互作的全景动态机制与干预策略重大研究计划2025年度项目指南的通告 | 2025年10月10日16时 | 2025年10月9日16时 |
| 10 | 共享航次征集 | 关于征集2027年度国家自然科学基金共享航次计划考察需求的通知 | 2025年10月31日 | -- |
| 11 | 国际（地区）合作交流项目 | 2025年度国家自然科学基金委员会与国际农业研究磋商组织合作研究项目指南 | 2025年9月28日16时 | 2025年9月27日16时 |
| 12 | 国际（地区）合作交流项目 | 2025年度国家自然科学基金委员会与联合国环境规划署合作研究项目指南 | 2025年9月28日16时 | 2025年9月27日16时 |
| 13 | 重大项目建议征集 | 关于征集2026年度数学物理科学部重大项目立项建议的通告 | 2025年9月30日 | -- |
| 14 | 重大专项 | 关于发布国家自然科学基金联合基金生命健康重大专项2025年度项目指南的通告 | 2025年10月14日16时 | 2025年10月13日16时 |
| 15 | 重大研究计划 | 关于发布战略性关键金属超常富集成矿动力学重大研究计划2025年度项目指南的通告 | 2025年10月11日16时 | 2025年10月10日16时 |
| 16 | 重大研究计划 | 关于发布未来工业互联网基础理论与关键技术重大研究计划2025年度项目指南的通告 | 2025年10月15日16时 | 2025年10月14日16时 |
| 17 | 专项项目 | 关于发布国家自然科学基金委员会生命科学部2025年度专项项目指南（第一批）的通告 | 2025年10月10日16时 | 2025年10月9日16时 |
| 18 | 专项项目 | 国家自然科学基金委员会管理科学部2025年第3期应急管理项目《全球稳定币风险治理与跨境协同监管体系研究》申请说明 | 2025年10月9日16时 | 2025年10月8日16时 |
| 19 | 专项项目 | 关于发布医学科学部2025年度专项项目指南（第一批）的通告 | 2025年10月11日16时 | 2025年10月10日16时 |
| 20 | 原创探索计划 | 关于发布医学科学部2025年度国家自然科学基金指南引导类原创探索计划项目指南的通告 | 2025年10月11日16时 | 2025年10月10日16时 |
| 21 | 联合基金项目 | 关于发布国家自然科学基金中国石化基础研究联合基金重大专项2025年度项目指南的通告 | 2025年10月16日16时 | 2025年10月15日16时 |
| 22 | 重大研究计划 | 关于发布极端条件电磁能装备科学基础重大研究计划2025年度项目指南的通告 | 2025年10月31日16时 | 2025年10月30日16时 |
| 23 | 重大项目 | 关于征集2026年度信息科学部重大项目立项建议的通告 | 2025年10月8日 | -- |
| 24 | 专项项目 | 国家自然科学基金委员会工程与材料科学部关于2025年第2期专项项目（科技活动项目）申请的通告 | 2025年10月15日16时 | 2025年10月14日16时 |
| 25 | 专项项目 | 2025年度国家自然科学基金委员会管理科学部专项项目指南——数智时代农产品供应链管理研究 | 2025年10月15日16时 | 2025年10月14日16时 |
| 26 | 专项项目 | 关于发布国家自然科学基金委员会数学物理科学部2025年度第二期专项项目（科技活动项目）申请指南的通告 | 2025年10月20日16时 | 2025年10月19日16时 |
| 27 | 国际（地区）合作与交流项目 | “可持续发展国际合作科学计划”2025年度项目指南 | 2025年10月8日16时 | 2025年10月7日16时 |
| 28 | 数学天元基金 | 关于发布2025年度国家自然科学基金数学天元基金“天元数学前沿重点专项”项目申请指南的通告 | 2025年10月16日16时 | 2025年10月15日16时 |
| 29 | 数学天元基金 | 关于发布2025年度国家自然科学基金数学天元基金“交叉重点青年专项”项目申请指南的通告 | 2025年10月16日16时 | 2025年10月15日16时 |
| 30 | 原创探索计划 | 关于发布国家自然科学基金委员会生命科学部2025年度指南引导申请类原创探索计划项目指南的通告 | 2025年10月16日16时 | 2025年10月15日16时 |
| 31 | 专项项目 | 关于发布2025年度国家自然科学基金专项项目——“材料科学模型驱动基础理论创新与前沿材料发现新方法”申请指南的通告 | 2025年11月2日16时 | 2025年11月1日16时 |
| 32 | 专项项目 | 关于发布2025年度国家自然科学基金“低空经济运营与管理”专项项目申请指南的通告 | 2025年10月17日16时 | 2025年10月16日16时 |
| 33 | 专项项目 | 关于发布2025年度国家自然科学基金委员会管理科学部专项项目“稀土资源管理研究”申请指南的通告 | 2025年10月17日16时 | 2025年10月16日16时 |
| 34 | 原创探索计划 | 关于发布2025年度国家自然科学基金原创探索计划项目申请指南的通告 | 2025全年 | 2025全年 |
